Las líneas de investigación de la maestría se insertan en el Programa Ramal en Investigaciones de Sistemas y Servicios de Salud y a las Estrategias Priorizadas por el sector  salud, el cual ha identificado como principales áreas temáticas las siguientes:

• Evaluación Económica de Tecnologías Sanitarias,
• Reordenamiento Asistencial del Sistema Nacional de Salud,
• Perfeccionamiento de los Sistemas de Costos en Salud,
• Metodologías para el análisis y evaluación de los costos,
• Costos de la Enfermedad,
• Sistemas de Cuentas Nacionales,
• Planificación Económica en Salud
• Impacto Económico de la Atención Primaria en Salud,
• Farmacoeconomía.
• Metodologías para la elaboración del presupuesto en Atención Primaria en Salud,
• Formación, perfeccionamiento y utilización de los Recursos Humanos en el sector salud.